A obra 'As origens da Igreja no Brasil' foi elaborada como tese de doutorado em História da Igreja, pela Universidade Gregoriana de Roma. O autor, Pe. Alceu Kuhnen, afronta este momento obscuro, primitivo e controverso da história da Igreja no Brasil, 1500 a 1552, com um toque de originalidade, de amor pela Igreja Católica e de honestidade científica. Ele constrói a sua tese respeitando rigorosamente os limites da moderna ciência historiográfica, contextualizando esta incipiente igreja em seu tempo e ambiente, sem deixar-se conduzir por um criticismo anacrônico e implacável ou por uma apologia triunfalista. A implantação da Igreja no Brasil, levada a efeito pelos católicos portugueses, começou somente a partir de 1532 a 1534, com o sistema colonial das capitanias hereditárias na costa brasileira. Este primeiríssimo momento da Igreja no Brasil (1532-1552), tão prenhe de significado, apresenta alguns traços interessantes e peculiares, tanto na sua primeira experiência missionária bem como na fundação das primeiras comunidades eclesiais. As primitivas igrejas paroquiais que se instalaram nas capitanias do Brasil estavam perfeitamente harmonizadas com o estilo de igreja medieval existente em Portugal. Toda a obra missionária expressava aquele espírito cruzadista e colonialista português. As novas igrejas foram se formando nos limites do projeto colonial da coroa portuguesa, obedecendo as normas do regime eclesiástico e civil do Padroado Português Ultramarino. Nada podia escapar da tutela do Padroado Régio. Os autóctones indígenas foram sob diversas formas, assimilados na sociedade colonial. Assim, uma vez integrados, morando neste ambiente cristão 'pela união conjugal das índias com os portugueses, pela escravidão ou por um convívio amistoso' eram imediatamente batizados e integrados na igreja.