Entre a rua e o seminário, cenário da adolescência do próprio Cony, Paixão segundo Mateus começa com mortes e investigações policiais, com uma mulher estirada na calçada, de camisola rosa apresentando manchas de sangue sujas de pó e uma fita vermelha entre os dedos. Quando o delegado sai de cena, ainda nas primeiras páginas, o leitor faz um longo passeio pela infância do seminarista Mateus em Vila Isabel, pelos escuros corredores de uma igreja pobre e abandonada e pela própria Igreja como instituição; visita um hospital católico, os escritórios de uma grande empresa patrocinadora de eventos culturais e os bastidores do Theatro Municipal.
Os personagens e os cenários são marcados por infortúnios e desassossegos de corpo e alma: a igreja precariamente construída, onde apodrecem sinos belgas nunca instalados, e destruída pelo fogo; o padre manco que leva no corpo cicatrizes da obra de sua igreja e entrega as hóstias com sua “mão-garra”; o seminarista que se torna um advogado liderado pela irmã; a “amante-viúva” que se envolve com um padre mergulhado em tentações, um médico de “curetagens”, devorador de bananas e galinhas, e até “um camarada magrinho, sem queixo, muito bêbado, famoso nas adjacências pelos seus sambas”.
O desencanto com a vida religiosa, que permeia toda a obra, se apresenta em meio a disputas e intrigas que se desenrolam entre igrejas, hospitais e a cidade; entre profano e sagrado; entre pianos e órgãos.