'O Atlas Esmeralda' conta a história de três irmãos. Kate, a mais velha, tenta proteger seus irmãos a todo custo; Michael, o do meio, é nerd e adora histórias sobre magia e Emma, a mais nova, é uma encrenqueira capaz de bater em garotos maiores do que ela. Dez anos atrás, numa noite de inverno, os três foram tirados de suas camas às pressas, perseguidos por criaturas estranhas e levados para longe de seus pais. Nunca mais os viram e passaram todo esse tempo de orfanato em orfanato, sem nenhuma explicação para o que aconteceu. Um atlas encantado surge no caminho deles, prometendo revelar as respostas para todas as suas perguntas. A jornada das crianças passa por uma terra habitada por gigantes, anões, lobos famintos, crianças prisioneiras e uma condessa que é a fonte de todo o mal.