Micróbios na cruz narra a vida de "Formiguinha", uma menina que cresceu na conturbada década de 1960 em Minas Gerais e, principalmente, em São Paulo. A partir da ingênua perspectiva infantil, a narrativa filtra a fala dos adultos e revela estereótipos, preconceitos e expectativas de uma família de classe média ascendente.
O livro é também o retrato - traçado por uma menina curiosa e espantada - de uma época de grandes mudanças comportamentais e políticas. É forte a presença do universo religioso na vida dela, que entra para o segundo grau numa famosa escola de freiras.
Lá, entre outras descobertas, ela percebe com uma ponta de inveja que suas colegas muito ricas possuem "almas loiras de olhos azuis". E é lá também que a irrequieta Formiguinha se torna rebelde e, influenciada por suas leituras "proibidas", chega à beira da adolescência. É quando o universo infantil de certezas se desfaz: "Diante de mim tenho o abismo, deve ser isto que chamam liberdade".